Les partenaires structurels du CIMPA sont les membres institutionnels du Comité de Pilotage, qui participent à l'élaboration de la stratégie et de la politique scientifique du CIMPA :
- Académie des Sciences (France)
- Comité Español de Matemáticas (CEMAT) (Espagne)
- Commission nationale espagnole de coopération avec l'UNESCO (Espagne)
- Commission nationale française pour l'UNESCO (France)
- Institut de la Recherche en Informatique et Automatique (INRIA) (France)
- Institut des Sciences Mathématiques et de leurs Interactions (INSMI-CNRS) (France)
- Real Sociedad Matemática Española (RSME) (Espagne)
- Société de Mathématiques Appliquées et Industrielles (SMAI) (France)
- Société Française de Statistique (SFdS) (France)
- Société Mathématique de France (SMF) (France)
- Société Mathématique de Norvège (SMN) (Norvège)
- Société Mathématique de Suisse (Suisse)
- Sociedad de Estadística e Investigación Operativa (SEIO) (Espagne)
- Sociedad Española de Matemática Aplicada (SEMA) (Espagne)
- Societat Catalana de Matemàtiques (SCM) (Espagne)
Le CIMPA faisant partie du Laboratoire d'Excellence CARMIN (Centre d'Accueil et de Rencontres Mathématiques INternationales), il collabore de manière étroite avec ses trois autres membres :
- Institut Henri Poincaré (IHP) (France)
- Institut des Hautes Études Scientifiques (IHES) (France)
- Centre International de Rencontres Mathématiques (CIRM) (France)
La CIMPA a signé des accords avec plusieurs institutions :
- Académie Hassan II des Sciences et Techniques (Maroc)
- African Institute of Mathematical Sciences (AIMS) (Afrique du sud)
- Centre de Recerca Matemàtica (Espagne)
- Instituto National de Matemática Pura e Aplicada (IMPA)(Brésil)
- Institut national de recherche en informatique et en automatique (Inria) (France)
- Ministerio de Ciencia, tecnologia e Innovacion Productiva de la Republica Argentina (MinCyT) (Argentine)
- Université d'Arba Minch (Éthiopie)
- Université Côte d'Azur (France)
La plupart des activités du CIMPA bénéficient des liens étroits et privilégiés qu'a noués le CIMPA avec les organisations internationales suivantes :
- International Mathematical Union (IMU)
- European Mathematical Society (EMS)
- International Center for Theoretical Physics (ICTP)
- Agence Universitaire de la Francophonie (AUF)
Le CIMPA compte aussi parmi ses partenaires privilégiés plusieurs sociétés mathématiques continentales avec lesquelles il finance par exemple les Écoles en partenariat :
- Union Mathématique Africaine (AMU)
- Union Mathématiques d'Amérique Latine et des Caraïbes (UMALCA)
- South East Asian Mathematical Society (SEAMS)
- Southern Africa Mathematical Sciences Association (SAMSA)
- West Asia Mathematical Schools (WAMS)
Autres partenaires réguliers du CIMPA :
- Association pour la Promotion Scientifique de l'Afrique (APSA) (France)
- Colloque Africain sur la Recherche en Informatique et Mathématiques Appliquées (CARI)
- Centro de Modelamiento Matematico (CMM) (Chili)
- Comité National Français des Mathématiciens (CNFM) (France)
- Deutsche Mathematiker Vereinigung (DMV) (Allemagne)
- Gesellschaft für AngewandteMathematik und Mechanik (GAMM) (Allemagne)
- International Council for Industrial and Applied Mathematics (ICIAM)
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD) (France)
- Mathrice (France)
- Soutien aux Activités de Recherche en Informatique et Mathématique en Afrique (SARIMA) (France)
- UNESCO