Les partenaires structurels du CIMPA sont les membres institutionnels du Comité de Pilotage, qui participent à l'élaboration de la stratégie et de la politique scientifique du CIMPA :
- Académie des Sciences (France)
- Comité Español de Matemáticas (CEMAT) (Espagne)
- Commission nationale espagnole de coopération avec l'UNESCO (Espagne)
- Commission nationale française pour l'UNESCO (France)
- Institut de la Recherche en Informatique et Automatique (INRIA) (France)
- Institut des Sciences Mathématiques et de leurs Interactions (INSMI-CNRS) (France)
- Real Sociedad Matemática Española (RSME) (Espagne)
- Société de Mathématiques Appliquées et Industrielles (SMAI) (France)
- Société Française de Statistique (SFdS) (France)
- Société Mathématique de France (SMF) (France)
- Société Mathématique de Norvège (SMN) (Norvège)
- Société Mathématique de Suisse (Suisse)
- Sociedad de Estadística e Investigación Operativa (SEIO) (Espagne)
- Sociedad Española de Matemática Aplicada (SEMA) (Espagne)
- Societat Catalana de Matemàtiques (SCM) (Espagne)
- Université Nice Sophia Antipolis (France)
Le CIMPA faisant partie du Laboratoire d'Excellence CARMIN (Centres d'Accueil et de Rencontres Mathématiques INternationales), il collabore de manière étroite avec ses trois autres membres :
- Institut Henri Poincaré (IHP) (France)
- Institut des Hautes Études Scientifiques (IHES) (France)
- Centre International de Rencontres Mathématiques (CIRM) (France)
La plupart des activités du CIMPA bénéficient des liens étroits et privilégiés qu'a noués le CIMPA avec les organisations internationales suivantes :
- International Mathematical Union (IMU)
- European Mathematical Society (EMS)
- International Center for Theoretical Physics (ICTP)
- Agence Universitaire de la Francophonie (AUF)
Le CIMPA compte aussi parmi ses partenaires privilégiés plusieurs sociétés mathématiques continentales avec lesquelles il finance par exemple les Écoles en partenariat :
- Union Mathématique Africaine (AMU)
- Union Mathématiques d'Amérique Latine et des Caraïbes (UMALCA)
- South East Asian Mathematical Society (SEAMS)
- Southern Africa Mathematical Sciences Association (SAMSA)
Autres partenaires réguliers du CIMPA :
- Académie Hassan II des Sciences et Techniques (Maroc)
- Instituto Nacional de Matematica Pura e Aplicada (IMPA)
- Association pour la Promotion Scientifique de l'Afrique (APSA)
- Colloque Africain sur la Recherche en Informatique et Mathématiques Appliquées (CARI)
- Centro de Modelamiento Matematico (CMM)
- Comité National Français des Mathématiciens (CNFM)
- Deutsche Mathematiker Vereinigung (DMV)
- European Mathematical Society (EMS)
- International Mathematical Union (IMU)
- International Council for Industrial and Applied Mathematics (ICIAM)
- Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
- Mathrice
- Soutien aux Activités de Recherche en Informatique et Mathématique en Afrique (SARIMA)
- UNESCO