Le CIMPA reçoit des subventions des institutions européennes et internationales suivantes :
- Bundesministerium für Bildung und Forschung (Allemagne)
- Institut National des Sciences Mathématiques et de leurs Interactions du CNRS (France)
- Laboratoire d'Excellence CARMIN (France)
- Ministerio de Ciencia e Innovacion y Universidades (Espagne)
- Ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche/Direction générale de la recherche et de l’innovation (France)
- Ministère de l'Europe et des Affaires Etrangères (France)
- Ministry of Education and Research (Norvège)
- Université de Neuchâtel et EPFL (Suisse)
- Simons Foundation
- Université Côte d'Azur (France)